Hàng năm đều có các cuộc gặp cấp cao. Thủ tướng Nhật Bản thăm Việt Nam 5 lần (Tomiichi Murayama 8/1994, Ryutaro Hashimoto 1/1997, Keizo Obuchi 12/1998, Junichiro Koizumi 4/02,Shinzou Abe 2012.) Ngoại trưởng Nhật thăm chính thức 2 lần (1996 và 2004). Thủ tướng Việt Nam thăm Nhật Bản 6 lần (1993, 1999, 2001, 2003 - 2 lần - và 6/2004). Từ 1993 đến nay, Tổng Bí thư (2 lần vào 1995 và 2002), Chủ tịch Quốc hội và Bộ trưởng Ngoại giao Việt Nam cũng đã thăm Nhật Bản. Năm 2002, Lãnh đạo cấp cao hai nước thống nhất xây dựng quan hệ Việt Nam-Nhật Bản theo phương châm "đối tác tin cậy, ổn định lâu dài". Trong chuyến thăm Việt Nam 7/2004 của Ngoại trưởng Nhật Bản, hai bên đã ký Tuyên bố chung "Vươn tới tầm cao mới của đối tác bền vững".

Hai bên đã tạo dựng được cơ chế đối thoại ở nhiều cấp. Ngoài đối thoại chính trị định kỳ ở cấp Thứ trưởng Ngoại giao (từ năm 1993), hai bên cũng đã xây dựng được cơ chế đối thoại kinh tế, an ninh và quốc phòng. Hai bên đã trao đổi tùy viên quân sự, mở Tổng lãnh sự quán ở Thành phố Hồ Chí Minh ở Việt Nam và Osaka ở Nhật Bản

Nhật Bản ủng hộ đường lối đổi mới, mở cửa của Việt Nam; hỗ trợ Việt Nam hội nhập vào khu vực và thế giới (vào APEC, WTO, ASEM, ARF, vận động OECD giúp Việt Nam về kỹ thuật...); coi trọng quan hệ với Việt Nam, lấy lợi ích và mục tiêu lâu dài làm trọng. Việt Nam ủng hộ Nhật làm thành viên thường trực Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc mở rộng, và vận động Nhật ủng hộ Việt Nam ứng cử làm thành viên không thường trực Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc nhiệm kỳ 2008-2009.